Манастир Ковиљ основан је око прве половине XVI века, кроз своју дугу и бурну прошлост, паљен је и пљачкан у више махова током XVI, XVII, XVIII и XIX века, и поново обнављан, упорно одржава традиције средњовековних српских манастира.

У њему постоји школа за образовање свештеника и учитеља у коју су долазили ђаци, содамеси из свих крајева насељених Србима. Од почетка XVII века манастир има и основну школу. Све до половине XIX века у манастиру су преписиване србуље, богослужбене књиге и песмарице, тадашњи књижевни зборници српског грађанства.

Ни данас се не зна када је тачно настао манастир. Према сачуваном предању манастир је основао Свети Сава на месту састанка са угарским краљем Андријом II у трећој или четвртој деценији XIII века. У прилог томе говори податак да је на овим просторима била велика концентрација српског живља те да је то био и мотив за Светог Саву да оснује манастир јер је то чинио и на другим местима са бројним српским живљем. Црква је сазидана од тесаног камена.

Првобитна црква по свој прилици је подигнута у другој половини XV века судећи на основу њене величине, облика, распореда простора те према начину њеног зидања и украшавања. Поуздано је забележена први пут 1651. године када је живописана њена припрата заслугом тадашњег бачког Епископа Михајла и уз труд Игумана Дамјана и Монаха Неофипа и Нићифора.

Црква је била живописана светим иконама по жанру из најстаријих времена, сличне иконама манаситара Манасије, Студенице, Грачанице и Жиче. Слике су биле доста оштећене од копаља и турских сабљи. Данас је манастир доста очуван и много живља из различитих области долази да види 800 година стар Манастир Ковиљ.